厚生労働省による保育所における感染症対策ガイドラインより紹介します.
24時間以内に複数回の水様便がある,食事や水分ととると下痢をする,もしくは体温が高いなど他の症状がある場合は登園を控えるのが望ましい,とされています.
あとは,朝に排尿がない,元気がない,ぐったりしている,などの症状がある場合も登園を控えるのが望ましい,とされています.

(厚生労働省の保育所における感染症対策ガイドラインより引用)
24時間以内の下痢が1回だけなら登園を控えたほうがいい,には該当しないようです.
胃腸炎などでバイ菌がほとんどいなくなっても,うんちがゆるい状態が何日も続く,といった場合もあるので,なかなか明確には決めづらいですね.
個人の意見としては,オムツから漏れるような下痢があるうちは,たとえ1日1回だけでも登園はやめたほうがいいと思っています.
健康な状態でも,ウンチは微生物のかたまりみたいなものです.
それがオムツからでるようでは,やはり周りに感染症を広めるリスクが高いでしょう.